Biología Computacional
Biología Computacional
Mis colegas del INB Natalia y Joan me pidieron que le echara un vistazo a su nuevo sistema. aGEM (anatomical Gene Expression Mapping) es una plataforma concebida para integrar información fenotípica con la distribución espacial y temporal de conjuntos de genes expresados en ratón. Según sus autores, esta plataforma proporciona la información necesaria para responder a tres preguntas:
Hace unos minutos me ha llegado a través del interfaz de Contactos del blog el siguiente mensaje de Alicia: Saludos a todos! soy licenciada en biología y muyinteresada en la bioinformática. Quiero realizar el master y hasta quesalga estoy ampliando el inglés y familiarizándome con la programación.Sin embargo me gustaría que me pudierais aconsejar sobre que lenguajede programación es es mas aconsejable, cursos que sean convenientesrealizar, etc y si aparte de todo esto también sería recomendable tenerla carrera de informatica…
Otra herramienta de visualización que me ha llamado la atención es E-Cell Simulation Environment 3D. Esta herramienta está hecha exclusivamente para Mac OS X, y permite visualizar en un entorno inmersivo la información asociada a las actividades de una célula, como las proteínas que intervienen en un determinado momento, por ejemplo. En el sitio original () podeis encontrar un video demostrativo del funcionamiento de la herramienta, documentación detallada de la misma, así como los enlaces de descarga de la aplicación.
Tal vez alguna vez habreis escuchado hablar en alguna ocasión del Google Summer of Code (GSoC). Es una iniciativa que lleva a cabo Google desde 2005, y que consiste en que Google patrocina a varios estudiantes que apliquen mejoras en una serie de proyectos de código abierto, descritas en propuestas que han sido previamente aprobadas por un comité de Google. Entre las propuestas aprobadas este año se encuentran 4 propuestas del lado de las herramientas relacionadas con GenMAPP: GenMAPP, Cytoscape,…
Otra herramienta interesante que acabo de ver en las sesiones de BioHackathon2009 es Genome Projector, que forma parte del proyecto G-language. Esta herramienta permite visualizar los mapas genómicos (tanto en formato circular como en formato lineal, según se pueda aplicar), de rutas metabólicas y de ‘DNA walk‘ asociados a todos los genomas para los que esté calculado, que de momento son unos 319 genomas bacterianos (). Esta herramienta web usa como motor de visualización la tecnología subyacente de Google Maps,…
En las sesiones de BioHackathon acabo de encontrarme con un nuevo programa de visualización de estructuras genómicas y su información asociada. Se llama genoDive, y aunque básicamente trabaja como un cliente DAS, da una nueva dimensión al concepto de exploración gráfica de las anotaciones genómicas. You need to a flashplayer enabled browser to view this YouTube videoYou need to a flashplayer enabled browser to view this YouTube video
Ayer por la tarde llegamos a Okinawa tras un vuelo de tres horas desde el aeropuerto de Haneda (Tokyo), y tras descansar, hoy comienzan las sesiones de BioHackathon 2009. Lo que más llama la atención son los Satellite Meetings, en los que se van a tratar los temas más variados, como Text Mining, un libro de buenas prácticas a la hora de construir web services bioinformáticos, el futuro de BioMOBY (llamado SADI), anotación semántica, Galaxy, … ¡y lo que surja!…