La API de Java de Ensembl, discontinuada

Hola de nuevo,    acabo de conseguir noticias frescas acerca de Ensembl. Para los que no conozcais el proyecto Ensembl, tal como reza en su página principal «es un projecto conjunto entre EMBL – EBI y el Sanger Institute para desarrollar un sistema software que produzca y mantenga sobre genomas de eucariotas seleccionados sus anotaciones generadas de forma automática». Para los que usais de forma cotidiana o lo pensais usar a través de su API de Java, dentro de poco os…

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BioScripts, un repositorio de biología

Tras un mes sin dar señales de vida (demasiado trabajo), vuelvo a escribir en el blog. Hace justo un mes me escribió Francisco de Sevilla para contarme que él y su compañero de piso habían montado un repositorio de biología mediante WordPress. El sitio se llama BioScripts (), y contiene información divulgativa interesante, como fotos de microscopía o un wiki. Este esfuerzo es muy loable, y el sitio está bastante bien. De momento tiene poca información, y está esperando a…

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VII Jornadas de Bioinformática y otros eventos

En el pasado mes y medio he anunciado a través de este blog congresos y reuniones internacionales relacionados con la bioinformática. Pues bien, ¡ahora le toca a España! Más concretamente, a Zaragoza, donde se van a celebrar las VII Jornadas de Bioinformática los próximos días 20, 21 y 22 de Noviembre. Hace casi un año, estas jornadas con mucha solera se celebraron en Madrid, conjuntamente con el ECCB’05. Si quereis enviar un artículo o un póster, tendreis que daros mucha…

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Algoritmos de alineamiento de secuencias

Siguiendo el hilo del mensaje anterior, Manuel, el estudiante de Biología interesado en Bioinformática me preguntó en un correo de vuelta si los algoritmos de alineamiento de secuencias que se usan hoy en día funcionan bien. No creo ser la persona con más experiencia en el tema para responder, pero aquí va:     Los algoritmos de hoy en día funcionan bastante bien para encontrar secuencias similares que puedan ser homólogas de la usada como entrada. Se puede decir que los…

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Consejos para un estudiante de Biología

Ayer mandó Manuel Álvaro un mensaje pidiendo consejo. Es un estudiante de 2º de Biología de Madrid (no especificó la Universidad) que se ha apuntado para el próximo curso a la asignatura de Bioinformática. En dicha asignatura tiene que hacer un programa relacionado con la biología, y escribió pidiendo asesoramiento sobre qué hacer, para evitar escribir otro simulador basado en las ecuaciones de Volterra-Lotka (de ecología matemática), que por lo visto es lo que se estila en esa asignatura.Mi consejo…

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