Coronavirus: CoVid19. Análisis genómico de la propagación del SARS CoV 2 (COVID-19). 10-04-2020.

Desde el primer momento de la pandemia, se realizó un gran esfuerzo en conocer la secuencia del genoma del SARS Cov2. en la actualidad se han secuenciado 4537 genomas procedentes de distintas partes del mundo. A continuación copio el primer informe realizado con el análisis de muestras de 57 países en 6 continentes. El tamaño de los círculos no está relacionado con el número de brotes, fallecidos o infectados. Está relacionado con el número de genomas secuenciados en el momento de elaborar el informe.

Los arboles filogenéticos permiten visualizar los orígenes y relaciones entre las distintas cepas virales presentes en los países en los que se han secuenciado genomas. Está muy bien explicado en este enlace.

La información actualizada se puede consultar en NEXSTRAIN.ORG

El informe fue realizado por Emma Hodcroft, Nicola Müller, Cassia Wagner, Misja Ilcisin, James Hadfield, Sidney M. Bell, Richard Neher, Trevor Bedford  de los centros de investigación Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA. Traducido por Roy Costilla, Miguel I. Paredes, Julián Villabona-Arenas

En España el trabajo está liderado por el investigador Iñaki Comas, del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), junto con el investigador Fernando González Candelas, del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) del CSIC y la Universitat de València, con la colaboración de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana.

Nota acerca del muestreo de casos

Actualmente tenemos secuencias virales de 57 países en 6 continentes. Este es un logro increíble: secuenciar un virus de ARN desconocido y de gran tamaño durante una pandemia es difícil, y solo es posible gracias al increíble trabajo y al intercambio de datos por parte de científicos y médicos de todo el mundo.

Si bien estos datos nos permiten inferir muchas características útiles del brote y seguir su propagación en tiempo real, es importante destacar que nuestras conclusiones se ven limitadas por los datos disponibles.

Por ejemplo, el mapa muestra muy pocas secuencias del sur global. Esto NO se debe a que el COVID-19 no esté circulando en estas zonas, o a que la comprensión de estos casos no sea importante; simplemente NO EXISTEN muchos datos de estas zonas. Nótese que el tamaño de cada círculo en el mapa indica la cantidad de datos disponibles actualmente de esa área, y no el tamaño real del brote.

Propagación temprana dentro de Asia.

Aquí resaltamos muestras aisladas desde mediados de diciembre del 2019 hasta mediados de enero del 2020, durante el primer mes del brote. Las puntas del árbol filogenético representan muestras aisladas de personas infectadas. Cada nodo interno, o punto de ramificación, representa un caso que no fue muestreado pero que creemos fue el ancestro de todos los casos dentro del clado descendiente.

Las puntas están coloreadas de acuerdo con el lugar donde fueron muestreadas; los nodos están coloreados de acuerdo con la ubicación inferida (es decir, más probable) del caso ancestral.

Comparando dónde se aisló una secuencia geográficamente con dónde sus ancestros estuvieron propagando, nos ayuda a entender no solo dónde las infecciones están ocurriendo, sino también dónde fueron adquiridas.

El ancestro común de los virus en circulación parece haber surgido en Wuhan, China, a fines de noviembre o principios de diciembre de 2019. Por ende, la mayoría de los casos ancestrales muestreados o inferidos fueron ubicados en Asia durante este periodo temprano. Este hallazgo es consistente con la circulación del virus siendo mayormente en China y con unos casos exportados a otros países asiáticos durante el primer mes del brote.

Introducciones iniciales a otras regiones
Durante el segundo mes del brote, desde mediados de enero hasta mediados de febrero del 2020, apreciamos la aparición de casos individuales en América del Norte, Europa y Oceanía. Estos primeros casos todavía se agrupan con las muestras de Asia, y en gran parte, no muestran evidencia de transmisión local.

Esto es consistente con casos iniciales que empezaron en el brote principal en Asia y fueron exportadas a otras partes del mundo. Aunque la mayoría de los primeros casos no resultaron en brotes locales, al menos tres de estas introducciones promovieron la transmisión local del virus, resultando en los grandes brotes norteamericanos y europeos, además de propagación limitada en Oceanía.

Transmisión críptica inicial en Europa
Enfocándonos en la parte superior del árbol durante el mismo periodo de tiempo podemos apreciar un virus europeo ancestral (un nodo interno) que sirvió como la fuente para el brote mayor europeo.

Esto indica que, si bien aún no habíamos secuenciado ninguna muestra de este clado, los orígenes del brote europeo ya estaban circulando sin detección a fines de enero o principios de febrero.

Transmisión críptica inicial en América del Norte
De manera similar, al acercarnos al fondo del árbol, vemos un virus norteamericano ancestral (nodo interno) que inició lo que más tarde se convertiría en un gran brote en América del Norte.

Esto indica que aunque sólo tuvimos un caso secuenciado de este grupo en ese momento, el virus circulaba sin ser detectado en América del Norte desde finales de enero o principios de febrero.

Crecimiento de los brotes en América del Norte y Europa
Durante el tercer mes del brote, desde mediados de febrero hasta mediados de marzo de 2020, estos dos grupos se expandieron y causaron grandes brotes en Europa y América del Norte, respectivamente.

Transmisión en España. Final de Marzo 2020

En este momento aparecen secuenciados 148 genomas. Parece haber más de una cepa entre los genomas secuenciados pero todavía es pronto para relacionar las diferencias que se detectan en las secuencias de los genomas con posible diferencias en infectividad o letalidad. Este trabajo está liderado por el investigador Iñaki Comas, del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC), junto con el investigador Fernando González Candelas, del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) del CSIC y la Universitat de València, con la colaboración de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana.

 

Continúa la propagación a través de las fronteras en las últimas 3-5 semanas
Aquí indicamos muestras recogidas en toda Europa en las últimas 3 semanas, coloreadas de acuerdo al país en que fueron aisladas. Cabe destacar que si bien hay algunos grupos pequeños específicos para cada país, también hay una gran cantidad de mezcla entre las muestras de diferentes países.

Esto sugiere que en las últimas 3-5 semanas ha habido una propagación continua a través de las fronteras.

Esta aglomeración geográfica podría aumentar a raíz de recientes estrategias de mitigación que tienden a reducir los viajes entre regiones.

Propagación desde Europa y América del Norte hacia el sur global
Los grupos de América del Norte y Europa no se limitan a estas regiones. Durante este período, vemos casos de América del Sur, Oceanía y África con un telón de fondo de clados principalmente europeos y norteamericanos. Esto indica que hubo frecuentes introducciones intercontinentales durante este período.

Es interesante que las muestras del sur global abarcan todo el ancho del árbol, lo que indica que los brotes de estas regiones son mezclas de muchos linajes virales.

Un círculo completo: reintroducciones a Asia
En el último mes, la pandemia ha completado su ciclo. Aquí, vemos reintroducciones de Europa y América del Norte de vuelta a Asia.

Esto demuestra de manera contundente que esta pandemia es una lucha global; todos debemos ayudar a controlar este virus en todas partes si esperamos derrotarlo.

Circulación en Europa a 10.3.20202

Aquí podemos apreciar un clado (grupo/aglomerado) grande de secuencias de Europa. Nótese que las secuencias de varios países se intercalan, indicando que el COVID-19 esta circulando fluidamente por todo el continente europeo.

Si vemos el mapa en detalle, podemos apreciar los muchos vínculos entre Italia y otras áreas. Sin embargo, es importante recordar que la incertidumbre estadística en la direccionalidad de estos vínculos. Hipótesis alternativas también podrían explicar los datos actuales (por ejemplo, que un caso omitido en la muestra actual haya infectado tanto a un caso secuenciado en Italia como a otro secuenciado en otro país europeo)

Transmisión local en las Islas Británicas e Irlanda. 10.3.2020

Usando a las islas británicas e Irlanda como ejemplo, podemos apreciar varias instancias en las cuales virus que son genéticamente cercanos a muestras de otros países aparecen en las islas británicas e Irlanda.

Este hallazgo implica que hubo al menos cuatro introducciones del virus desde otros lugares.

También podemos apreciar instancias en las cuales encontramos varios casos genéticamente cercanos desde el mismo lugar después de una introducción. Esto implica que la transmisión local y comunitaria ha surgido desde más de una de estas introducciones.

Exportación de COVID-19 desde Irán
Todavía no tenemos genomas virales provenientes de Irán. Sin embargo, sí tenemos secuencias de muchos casos de viajes reportados a Irán.

La mayoría de las secuencias con un historial de viaje a Irán se agrupan, sugiriendo que gran parte de los casos iraníes fueron derivados de una única introducción a Irán.

En la parte inferior del árbol filogenético podemos apreciar una secuencia nueva aislada de una mujer en Pakistán que reporta un viaje a Irán. Curiosamente, este caso no se agrupa con los otros casos relacionados con Irán, aunque fueron muestreados aproximadamente al mismo tiempo.

Esto es consistente con varias hipótesis posibles; cuando tengamos más datos, actualizaremos nuestro análisis.

Introducciones en los EEUU. 10.3.2020

Aquí podemos apreciar que el virus ha sido introducido a los EEUU en múltiples ocasiones independientes.

Como la mayoría de estas introducciones no están asociadas con ningún otro caso aislado desde los EEUU, hay incertidumbre si estas introducciones han resultado en brotes locales. Sin embargo, dado que la capacidad diagnóstica todavía no se ha aumentado en la mayoría de los lugares, se espera que todavía haya varios casos no reportados.

Sin embargo, en Washington y California podemos apreciar grupos de casos que están genéticamente relacionados, implicando que ocurre transmisión continua y propagación local entre estos dos estados.

Propagación de SARS-CoV-2 en el estado de Washington. 10.3.2020

Aquí podemos apreciar un grupo grande de casos aislados en Washington que están genéticamente relacionados. Usando este hallazgo concluimos que en el estado de Washington ocurre una extensa propagación local del virus.

Interesantemente, las muestras aisladas de casos en Washington se encuentran intercaladas con las muestras aisladas de casos del crucero Grand Princess. Todavía no estamos seguros si la propagación del virus fue desde el crucero a Washington o viceversa; cuando obtengamos datos adicionales, actualizaremos nuestro análisis.

Propagación de SARS-CoV-2 en el estado de California. 10.3.2020

Usando las muestras aisladas en California, encontramos evidencia de múltiples introducciones del virus en el estado. Importantemente, apreciamos al menos un grupo de casos genéticamente relacionados que fueron recolectados en California durante un corto periodo de tiempo (haz click en ‘Explora los datos’ y busca ‘CA9’ para ver un ejemplo).

Esto sugiere fuertemente que hay propagación continua y local del virus en California.

Hallazgos Principales

• El virus ha sido introducido a varias partes del mundo múltiples veces. No todas las introducciones resultan en propagación local.
• Existe evidencia de la propagación comunitaria en Europa, en partes de los EEUU, en China, y el Sudeste Asiático.
• Controlar los brotes locales a través de la distanciamiento social es crucial para proteger las poblaciones más vulnerables al virus.

Qué se puede hacer

Distanciamiento social – es decir, disminuir el número de personas con cual te encuentras cada día – puede ser difícil, pero es increíblemente beneficioso para el público. Si cada persona disminuye su número de contactos diarios por un 25%, esperamos apreciar una reducción del 50% en el número de casos acumulados en el próximo mes (Klein et al., 2020-03-13). ¿Dudas sobre el distanciamiento social ¡Revisa esta guía!.

Pasos que pueden tomar los individuos

• Reducir el número de personas con los que tienes contacto diariamente, especialmente si eres parte de un grupo de gente vulnerable al virus (por ejemplo: gente mayor y gente con condiciones médicas pre-existentes).
• Recuerde que, aunque usted no sea particularmente vulnerable al virus, hay muchas personas que sí lo son; debe seguir estas prácticas para proteger a otros.
• Lávese las manos “como si acabas de picar un pimiento picante y tienes que cambiar tus lentes de contacto”.
• Quédese en casa si está enfermo; prepárese con provisiones adicionales por si tiene que estar en auto-cuarentena.

Pasos que pueden tomar oficiales gubernamentales

• Ofrecer pruebas diagnósticas gratuitas y fácilmente disponibles.
• Establecer políticas de distanciamiento social.
• Apoyar financieramente a las personas y los establecimientos afectados por las políticas de distanciamiento social (entre ellos: trabajadores que les pagan por hora, personas responsables por gente mayor o niños pequeños, empresas pequeñas, etc.).

Análisis genómico de la propagación del COVID-19. Informe de la situación hasta el 2020-03-13.Author: Emma Hodcroft, Nicola Müller, Cassia Wagner, Misja Ilcisin, James Hadfield, Sidney M. Bell, Richard Neher, Trevor Bedford ¹

¹ Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA

Traducción: Roy Costilla, Miguel I. Paredes, Julián Villabona-Arenas

Created: 2020 March 13

Este informe utiliza datos genómicos públicos para el seguimiento de la propagación del COVID-19. Los informes son actualizados semanalmente.

Lectura adicional (en inglés)

• «No se crea las teorías de conspiración que pueda recibir sobre el coronavirus y el VIH» artículo 2020-01-31
• «Teorías de conspiración sin fundamento afirman que el nuevo coronavirus fue producto de la bioingeniería» artículo 2020-02-07
• «No, el coronavirus de Wuhan no fue diseñado genéticamente para insertar trozos del VIH en él» artículo 2020-02-02
• «Rompiendo los mitos del coronavirus» Verificación de información por la AFP 2020-02-19

Conceptos erróneos

Han circulado varios conceptos erróneos sobre los orígenes del nuevo coronavirus. Durante brotes como este, la difusión de información que se sabe que es incorrecta puede generar más pánico y hacer que las personas no confíen en los científicos y los gobiernos, lo que significa que es menos probable que sigan las advertencias y tomen las precauciones adecuadas.

En un esfuerzo por tratar de explicar por qué estos puntos de vista son incorrectos, los científicos han abordado estas teorías en las siguientes páginas (en inglés):

Preguntas más frecuentes (en inglés)

Crédito científico. Instituciones Participantes.

Crédito científico detallado. Genomas cedidos por cada Institución.