Microbiomas extraordinarios

Recientemente se han publicado un par de trabajos (de Goffau et al., Rehbinder et al.) que muestran que durante una gestación normal la placenta humana no contiene microbioma…¿…? A primera vista, resulta un poco extraño ver semejantes obviedades en revistas de alto nivel, al fin y al cabo eso es lo que todos sabíamos o creíamos saber: en condiciones normales la placenta y el líquido amniótico crean un entorno microbiológicamente estéril que protege al embrión en desarrollo, y sólo después del nacimiento (o durante el parto) el bebé entra en contacto con los microorganismos. Sin embargo durante los últimos años diversos grupos, utilizando métodos de secuenciación masiva, han descrito microbiomas en la placenta, en el líquido amniótico, e incluso microbiomas intestinales fetales.

Lógicamente esto ha generado bastante controversia (Segata, Wylliard). Derribar dogmas está muy bien y es muy sano, sin embargo, como decía Carl Sagan (aunque el argumento se remonta a Hume) “Afirmaciones extraordinarias requieren pruebas extraordinarias”. Decir que existe una microbiota en la placenta gestante sana (sin infección) y que la colonización microbiana empieza en el útero materno no es trivial, es una afirmación extraordinaria, algo que supuestamente habría pasado inadvertido a generaciones de microbiólogos.

¿Son extraordinarias las pruebas que aportan los trabajos mencionados? La verdad es que no, de hecho son bastante débiles. Todos estos trabajos se basan en métodos que incluyen algún paso de amplificación de ADN y que son susceptibles a generar artefactos cuando se aplican a muestras de nula o baja carga microbiana (aquí una excelente y amena explicación de microBIO). Algunos estudios han intentado profundizar un poco más y muestran datos de cultivos microbiológicos o microscopía de fluorescencia, aunque, a mi juicio, no son lo suficientemente convincentes.

Estos microbiomas no son los únicos extraordinarios. De manera similar se han publicado varios trabajos, que no voy a citar, y que con la misma metodología, describen el microbioma de la sangre en ausencia de infección… ¡¡Y desde los tiempos de Pasteur y Koch ningún microbiólogo se había dado cuenta!! De nuevo, ésta es una afirmación extraordinaria (inverosímil en realidad), que pide a gritos pruebas extraordinarias, que los autores no aportan.

El análisis del microbioma mediante secuenciación masiva tiene riesgos. Hay programas y paquetes informáticos que generan informes extensos con gráficos muy atractivos, pero los resultados hay que interpretarlos en su contexto biológico o clínico, y experimental. Si las muestras tienen una carga microbiana baja o nula es difícil discriminar las secuencias procedentes de la muestra de aquellas procedentes de los reactivos o del entorno. En muestras con carga alta los problemas son otros, pero también los hay (aquí una parodia fantástica).

Todo esto no es necesariamente malo, conforme vaya madurando la metodología y avanzando el conocimiento se irán aclarando las cosas, incluso se puede argumentar que es parte del proceso científico (La ciencia no es perfecta, con frecuencia se utiliza mal, no es más que una herramienta, pero es la mejor herramienta que tenemos, otra interesante cita de Carl Sagan). Pero deberíamos reflexionar sobre el proceso de publicación en ciencia. Sorprende la poca autocrítica y la alegría con la que los autores de estos trabajos hacen afirmaciones extraordinarias, y no es cuestión de matar al mensajero, pero sorprende aún más que hayan pasado el filtro de la revisión por pares sin que se les pidan las correspondientes pruebas extraordinarias. ¿Cómo es posible leer estos trabajos y darlos por válidos sin más? La presión por publicar, la proliferación de revistas, el sistema publicación en acceso abierto (open access) pagado por los autores, el auge de las revistas depredadoras…podrían ser algunas de las razones que nos estén llevando a relajar los estándares de publicación. Tal vez habrá que inventar un nuevo índice bibliométrico para valorar lo que se publica: el índice de credibilidad de las revistas.

REFERENCIAS

de Goffau MC, Lager S, Sovio U, Gaccioli F, Cook E, Peacock SJ, Parkhill J, Charnock-Jones DS, Smith GCS. Nature. 2019 Aug;572(7769):329-334. doi: 10.1038/s41586-019-1451-5.

Rehbinder EM, Lødrup Carlsen KC, Staff AC, Angell IL, Landrø L, Hilde K, Gaustad P, Rudi K. Am J Obstet Gynecol. 2018 Sep;219(3):289.e1-289.e12. doi: 10.1016/j.ajog.2018.05.028.

Segata N. Nature. 2019 Aug;572(7769):317-318. doi: 10.1038/d41586-019-02262-8

Willyard C. Nature. 2018 Jan 18;553(7688):264-266. doi: 10.1038/d41586-018-00664-8