Colección de plantas secas organizada en ocho grandes secciones, seis vivas y dos de carácter histórico. Las secciones a las que se incorpora material son: una general (MAF), especialmente rica en material ibérico y norteafricano, otra específica de flora neotropical (MAF-NTR), y cuatro dedicadas a los distintos grupos critogámicos: algas (MAF-ALGAE), briófitos (MAF-BRYO), hongos (MAF-FUNGI) y líquenes (MAF-LICH). El herbario recoge el testimonio de la labor investigadora realizada por los botánicos españoles vinculados a la Universidad de Madrid desde finales del siglo XIX. A estas aportaciones se une el frecuente intercambio de pliegos con centros nacionales e internacionales y de adquisición de colecciones coherentes de plantas (exsiccata). El herbario mantiene un servicio de préstamo con instituciones científicas similares de todo el mundo. De manera no periódica oferta la distribución de sus propias exsiccata (Exsiccata Rivasgodayana).

Izquierda: vista general del herbario. Derecha: Aspecto general de uno de los armarios del herbario.
Las colecciones históricas están formadas por los legados de Blas Lázaro Ibiza (1858-1921) [MAF pro parte & MAF-LAZ] y el abate Pierre André Pourret (1754-1818) [MAF-POUR]. El herbario de Lázaro Ibiza conserva el material acopiado para su investigación, entre ellos el utilizado para describir nuevos taxones. Su obra investigadora tuvo especial relevancia en el ámbito micológico, los testigos de estos trabajos se conservan en la sección MAF-FUNGI. El herbario Pourret, formado por casi 8000 pliegos, constituye una de las más importantes muestras de la actividad botánica de la España ilustrada, especialmente rico en flora española y francesa, también conserva algunos materiales de origen americano procedentes de las expediciones españolas del siglo XVIII; de especial interés son las completas etiquetas de herbario realizadas por este clérigo francés, demostrativas -en parte- de su actividad científica conservada inédita en sus pliegos.

Izquierda: pliegos del herbario Pourret. Derecha: Detalle de un pliego del herbario Pourret.