Proyecto MICROBIOMA: Censando los microbios que viven en el cuerpo

autor: Miguel Vicente

Es sabido, desde ya hace mucho, que de cada diez células que llevamos en el cuerpo tan sólo una es humana, las otras nueve son microbios de diverso tipo. Para ellos nuestro cuerpo es su casa e intentan vivir en armonía desde la piel hasta en el intestino. Hace unos días se ha anunciado la formación de un consorcio mundial de grupos de investigación cuyo objetivo es identificar los microbios que habitan en el ser humano mediante la secuenciación de sus ADNs. Muchos, si no la mayor parte de ellos no se han podido cultivar por lo que se propone una aproximación metagenómica, es decir amplificar los ADNs de origen microbiano que se obtengan del cuerpo, averiguar sus secuencias y por comparación predecir a qué tipo de microbios debe corresponder para finalmente recomponer en el ordenador el catálogo de los minúsculos habitantes del cuerpo humano.


Los sitios que le gustan a los microbios para vivir en el cuerpo humano. La piel, el aparato digestivo, el respiratorio y el urogenital albergan, en el individuo sano, florecientes colonias de muy diversos microbios.


Ya en febrero de este año la revista Microbiology today nos daba un resumen de los diversos tipos de microbios que habitan en el cuerpo humano, desde las bifidobacterias del intestino infantil que ayudan a asimilar la leche, hasta los Staphylococcus aureus de la piel y vías respiratorias que cuando se rompe el equilibrio entre el cuerpo y la población de microbios pueden producir complicaciones letales. Normalmente los microbios que nos habitan no solo no son un peligro sino que nos ayudan a mantenernos sanos, en primer lugar compitiendo entre ellos de manera que ninguno predomina sobre los otros. También el cuerpo produce sustancias con propiedades antibióticas, suelen ser pequeños péptidos que a las células humanas no les hacen daño, pero que cuando se integran a las membranas de las bacterias las alteran de forma que la bacteria no logra sobrevivir.

Están, aunque no los sepamos cultivar
Se calcula que de todos los microbios que normalmente habitan en la boca la mitad no se han podido cultivar, y se sabe que de sus interacciones y capacidad para pegarse al esmalte dental depende la salud de los dientes y de las encías. Las nuevas técnicas de secuenciación de ADNs, así como los avances informáticos permiten plantear el proyecto de identificar a casi todos los microbios que nos colonizan. El principio básico es lo que se ha venido en llamar “metagenómica” y a grandes rasgos consiste en obtener todos los posibles fragmentos del ADN total que existe en una muestra de una determinada procedencia, sin importar para nada en este momento la identidad del organismo del que pueda proceder cada fragmento y secuenciarlo por la técnica llamada “whole genome shotgun” (que quiere decir algo así como fragmentar el genoma completo en trocitos) que permite una gran rapidez en la obtención de secuencias. Una vez obtenidas las secuencias se encarga al ordenador que las clasifique, las compare unas con otras y con las secuencias ya conocidas, las reagrupe si es posible determinando su pertenencia a un mismo o a diferentes organismos, sean o no conocidos, y les asigne una posible función. Con toda esa información se dispone de una instantánea de lo que debe ser la población que habita en el lugar de donde se tomó la muestra, ya sea del cuerpo humano o de un vertedero. Es como si dijésemos obtener el padrón de un municipio, en el que hemos apuntado las edades, las profesiones, los niveles sociales de cada individuo y el tipo de vivienda que habita.

¿Qué hacer con todos esos datos?
Es la misma pregunta con la que se encuentran todos los proyectos de obtención masiva de datos. Al igual que el padrón, que no puede relatar lo que los ciudadanos sienten y padecen, el proyecto microbioma no responderá todas las incógnitas de la fisiología de la flora microbiana que nos usa como vivienda, pero sí que puede dar información muy valiosa sobre su composición en el individuo sano, y permitirá averiguar las variaciones que ocurren en personas enfermas. Para llegar a entender cómo interaccionan los diferentes microbios entre sí y con las células del cuerpo seguirá siendo imprescindible continuar el trabajo, a veces menos espectacular de estudiar uno a uno el comportamiento de cada especie de microbio que sea posible analizar en el laboratorio, las que sí podemos cultivar, y seguir intentando cultivar en el tubo de ensayo las que aún no sabemos hacerlo. También de estos estudios podemos obtener datos muy importantes para preservar la salud si averiguamos las condiciones precisas para que un microbio prolifere.

Guiones paralelos para un mismo argumento
Más que enfoques contrapuestos, la metagenómica hay que verla como complementaria a la microbiología molecular y a la celular que respectivamente nos informan del funcionamiento de una bacteria y de cómo se comporta en su interacción con las células humanas. Sería deseable que no se redujesen los esfuerzos de investigación, y por consiguiente de financiación, de los proyectos que podríamos llamar intensivos, los que estudian un proceso de un organismo en todo su detalle, para favorecer a los proyectos, como el del microbioma, extensivos. Siempre es peligroso favorecer en demasía lo que en un momento se pone de moda, y en estos temas creo que es preciso la cooperación entre ambos enfoques si se quiere obtener el máximo rendimiento. El objetivo final en todos los casos es conservar la salud.


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Comentarios

[...] para conocer qué hacen las bacterias que hay en nuestro cuerpo,  a cuyo conjunto llamamos el microbioma. La gran mayoría de esas bacterias se localiza en el intestino, donde hacen tareas como ayudarnos [...]

[...] Proyecto MICROBIOMA: Censando los microbios que viven en el cuerpo [...]

donde estan los nombres delas bacteras

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