Pruebas sí, pero… ¿para qué?


A riesgo de aburrir seguimos hablando de las pruebas para detectar al coronavirus SARS-CoV-2, aunque esta vez no hablaremos de las pruebas del futuro sino de las del presente. Durante las últimas semanas las pruebas se han convertido en tema de tertulias televisivas y discusiones, armas arrojadizas en reyertas entre partidos e incluso en reivindicaciones laborales… Y no debería ser así. Las pruebas de diagnóstico no son un tema de opinión, deben utilizarse con criterios clínicos o epidemiológicos y utilizando la información científica disponible. Sabiendo para qué se hace cada prueba, qué información da y qué se va a hacer con ella. Interpretar un resultado fuera de contexto es perder tiempo y recursos o, peor aún, jugar a la ruleta.

 

Humphrey Bogart en el Casino de Rick, Casablanca, 1942.


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Cazando virus: en busca de tests universales


En plena pandemia de SARS-CoV-2 se está hablando y escribiendo mucho acerca de las diferentes pruebas que se utilizan para detectar los virus en los laboratorios de diagnóstico: los tests rápidos, la PCR… Resumidamente hay dos tipos de pruebas, las basadas en amplificación de fragmentos del material genético del virus mediante PCR, o las que utilizan el reconocimiento de las partículas virales por anticuerpos. Cada una tiene sus aplicaciones, sus ventajas y sus limitaciones (aquí una explicación clara y detallada, y aquí una más orientada a profesionales). Algo que todas tienen en común es que van dirigidas a especies concretas, cada prueba es capaz de detectar uno o varios virus, pero sólo puede detectar aquello para lo que está diseñada. Sin embargo, el test ideal debería ser universal, capaz de detectar e identificar cualquier virus presente en una muestra.

 

Dr. Tedros Adhanom Ghebreyesus, Director General de la OMS. 16 de Marzo de 2020. Tenemos un mensaje muy sencillo para todos los países: Test, test, test.




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Una epidemia de coronavirus y de “influencers”


No solo es que en China se esté difundiendo una epidemia de un Coronavirus, es que en España padecemos, como en otros países, una ola de desinformación e ignorancia al respecto. Diré que no soy médico (soy microbiólogo) y aunque he intentado recoger las noticias de fuentes con buena reputación científica e informativa aquí solo doy mi opinión basada en lo que he podido leer hasta hoy. El coronavirus es el 2019-NCoV, al que se llama así para abreviar “nuevo coronavirus de 2019”. Pese a ser nuevo es el personaje de la tragedia al que mejor conocemos.


Figura 1 . Una imagen artística de un coronavirus. Fuente: enlace.

 


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Que no, que la endosimbiosis no es una cooperación


¿Ha visto “El Padrino”? Entonces recordará la secuencia que sigue al fragmento que abre esta entrada ¿Llamaría usted a la asociación entre Vito Corleone y el productor Waltz una “cooperación”? Seguro que no, aunque ambos al final obtienen un beneficio. Vito ha conseguido que su protegido sea el protagonista de la película y Waltz consigue un éxito cinematográfico. Pero creo que el caballo de Waltz no opinaría lo mismo.

Pues con el evento de endosimbiosis que dio lugar a la aparición de los eucariotas sucede lo mismo. Probablemente se originó gracias a una asociación entre una arquea y una bacteria, pero a pesar de lo que aparece en algunos medios de comunicación, el origen de la vida compleja no fue la cooperación. Más bien fue una oferta que la bacteria no pudo rechazar.

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Orgánica e insulsa o sabrosa pero con OMGs, el dilema de la hamburguesa imposible


Si te da reparos consumir carne de verdad pero quieres comer una hamburguesa puedes hoy en día recurrir a diversos sucedáneos que recuerden al original. Con algunas legumbres y también con proteínas vegetales se consiguen mezclas de ingredientes que al menos en los anuncios dan el pego. Pero para ir aún más allá, dentro de nada podrás consumir algo que además de parecer carne dicen que también sabe a carne de vacuno y al cocinarlo desprende el mismo olor que la hamburguesa a la parrilla. Pero para eso tendrás que dejar de lado, si los tienes, algunos prejuicios sobre el consumo de productos derivados de los organismos modificados genéticamente.

La hamburguesa es todo un símbolo para dirimir las polémicas entre quienes prefieren consumir carne y quienes no. Imagen de enlace.

 
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Indominus bacteria


En 1993, en Parque Jurásico, el Sr. ADN explicaba al mundo cómo reconstruir un dinosaurio utilizando ADN conservado en ámbar y ADN de rana para “rellenar los huecos”. En 2015, en Jurassic World, InGen utilizaba ADN de diferentes especies, seleccionadas para aportar características concretas y crear un híbrido de diseño: el Indominus rex, algo así como un dino-Frankenstein transgénico. Aunque parezca fantasía, algo parecido ocurre en el mundo microbiano, aunque de manera natural, y no tan espectacular: la transferencia génica horizontal, es la transferencia de fragmentos de ADN desde una célula (o sus restos) a otra que no es su descendiente, y que incluso puede ser de otra especie, pero lo incorpora a su propio genoma y se convierte en un híbrido, que, ahora sí, transmite el genoma híbrido a su descendencia.

Indominus rex, un dinosaurio híbrido diseñado y construido por InGen, es portador de genes de diferentes especies (Jurassic World).


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La tragedia de los comunes y los antibióticos


“El Lorax” es un cuento de Dr. Seuss publicado en 1971. De una manera muy didáctica te explica el problema de la sobreexplotación de un recurso común. Aunque parezca un asunto muy actual, lo cierto es que el primero en planteárselo fue el economista británico William Forster Lloyd, que en 1833 ya escribió sobre the concept of the overuse of a common by its commoners. A ese concepto lo conocemos a día de hoy como “la tragedia de los comunes“, pues así lo bautizó el ecólogo norteamericano Garrett Hardin en 1968. Esta idea tiene diversas implicaciones en varios campos, desde la economía hasta la ecología. En el caso de la salud pública, puede ayudarnos a entender cómo lidiar con el problema de la resistencia a los antibióticos. Y ya adelanto que no va a ser fácil.


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Microbiomas extraordinarios


Recientemente se han publicado un par de trabajos (de Goffau et al., Rehbinder et al.) que muestran que durante una gestación normal la placenta humana no contiene microbioma…¿…? A primera vista, resulta un poco extraño ver semejantes obviedades en revistas de alto nivel, al fin y al cabo eso es lo que todos sabíamos o creíamos saber: en condiciones normales la placenta y el líquido amniótico crean un entorno microbiológicamente estéril que protege al embrión en desarrollo, y sólo después del nacimiento (o durante el parto) el bebé entra en contacto con los microorganismos. Sin embargo durante los últimos años diversos grupos, utilizando métodos de secuenciación masiva, han descrito microbiomas en la placenta, en el líquido amniótico, e incluso microbiomas intestinales fetales.

Lógicamente esto ha generado bastante controversia (Segata, Wylliard). Derribar dogmas está muy bien y es muy sano, sin embargo, como decía Carl Sagan (aunque el argumento se remonta a Hume) “Afirmaciones extraordinarias requieren pruebas extraordinarias”. Decir que existe una microbiota en la placenta gestante sana (sin infección) y que la colonización microbiana empieza en el útero materno no es trivial, es una afirmación extraordinaria, algo que supuestamente habría pasado inadvertido a generaciones de microbiólogos.

Fuente: Serie Cosmos, episodio “Enciclopedia Galáctica”. Aunque es frecuente traducir “evidences” como evidencias, lo correcto sería «Afirmaciones extraordinarias requieren siempre pruebas extraordinarias» (https://www.fundeu.es/recomendacion/evidencia-prueba).
Fuente de la imagen: akifrases.com


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Terapia con fagos ¿a la centésima va la vencida?


 
 

Si le gusta la microbiología seguramente habrá oído hablar de la película “El doctor Arrowsmith“. Dirigida en 1931 por John Ford, adapta la novela homónima escrita en 1925 por el premio Nobel Sinclair Lewis. Entre las distintas vicisitudes que le ocurren al microbiólogo protagonista está el descubrimiento de un bacteriófago que elimina las bacterias de forma rápida y eficaz, por lo que podría ser usado como una nueva terapia contra las infecciones bacterianas. Sin embargo su alegría se ve empañada cuando su mentor le informa que en Francia, el investigador Felix d’Herelle se le ha adelantado y ya ha publicado el mismo descubrimiento.


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Los mapas del cólera


La utilización de mapas como herramientas en epidemiología empezó en el siglo XIX con la llegada a Europa de la segunda pandemia de cólera. Aunque las causas de la enfermedad aún no se conocían, y se creía que la enfermedad la producían “miasmas” que se transmitían por el aire, los mapas publicados en 1831 y 1832 (como el que se muestra en la figura, o los que se muestran en (Koch, 2014)) indicaban que la epidemia no surgía aleatoriamente en uno u otro lugar, sino que progresaba siguiendo rutas precisas que coincidían con campañas militares o rutas comerciales, es decir que se transmitía de un lugar a otro siguiendo los movimientos de grupos de viajeros. En 1854 John Snow, que no creía en los “miasmas”, representaba los casos de cólera que se estaban produciendo en ese momento sobre un plano de Londres y conseguía identificar un foco local de la epidemia (comentado por Miguel aquí). Desde entonces la elaboración de mapas epidemiológicos se ha ido enriqueciendo con la recogida sistemática de datos, la informatización, y la utilización de Sistemas de Información Geográfica. La incorporación de información sobre serotipos ó genotipos añadió una nueva capa de complejidad, y permitió trazar las rutas seguidas por diferentes clones de un mismo patógeno. Ya en este siglo, la secuenciación de genomas completos abre el campo de la filogeografía genómica, que aporta un aumento importante a la resolución de los mapas en lo que se refiere a la información genética.

 

Mapa de las dos primeras pandemias de cólera por el cartógrafo añemán Carl Ferdinand Weiland, litografía coloreada a mano y publicada en hoja suelta. Los colores indican los años en los que se detecta el cólera en cada país. CHOLERA-KARTE oder Uebersicht der progressive Verbreitung der Cholera seit ihrer Erscheinung im Jahr 1817 über ASIEN, EUROPA under AFRICA. Weimar: Verlag des Geographischen Instituts, 1832. Obtenida de https://bostonraremaps.com/inventory/rare-cholera-map-weiland/

 


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