Muestras de Suelos, Análisis Microbianos, Secuenciación Genética (buenas noticias)
Fuente Colaje imágenes Google
Hace tan solo diez o quince años resultaba extrañísimo encontrar noticias como estas en los boletines de noticieros de ciencia en general, pero las cosas han ido cambiando con el resurgimiento de las ciencias del suelo. Yo apenas colaboré en análisis enzimáticos con mi colega Avelino García Álvarez. Sin embargo, la secuenciación genética(sobre la que sigo albergando arias dudas, que ya os expliqué en su momento) ha ido cambiando todo en biología del suelo. El problema ha venido pivotando en como comparar los sistemas de almacenamiento tradicionales de suelos con el tiempo, pensándose que las muestras debían conservadas con mucho esmero y procedimientos más sofisticados (como mínimo a bajísimas temperaturas). Pues ahora resulta que ¡va a ser que no! Sin embargo, la nota de prensa y el artículo original que hoy os presento, de ser corroborado, sería de gran alivio y nos permitiría avanzar a la hora de comparar la microbiología y su diversidad entre muestras actuales y las almacenadas hace mucho tiempo. Ya, el titulo original nos sintetiza el resultado de esta indagación: “Los investigadores descubren que refrigerar o secar al aire las muestras de suelo para futuros estudios conserva importantes detalles microbianos”, lo cual permitiría analizar la evolución temporal de diversos aspectos de las biocenosis edáficas en el espacio y el tiempo, utilizando material antiguo y decenas de miles de muestras almacenadas en los laboratorios de todo el mundo, ahorrando adicionalmente mucho tiempo y dinero. Obviamente siempre hay límites, no valdrán todas. Pero mejor leerlos vosotros. Los investigadores tan solo han detectado cambios en la diversidad Beta, que no de la alfa, la cual nos indica la riqueza de taxones. El artículo ha sido publicado en la “posiblemente” mejor revista de suelos en estas materias, por lo que hay que concederle bastante verosimilitud. En todo caso, habrá que esperar a que sea corroborada, ya que se trata de un tema de gran calado para los expertos en ciencias del suelo y en especial para aquellos que se dediquen a la biodiversidad de los microrganismos del suelo. ¡Buen trabajo Chavales! Os dejo con la buena nueva, de ser avalada.
Juan José Ibáñez
Continua…….
Post previos
Edafodiversidad y Biodiversidad 13: Diversidades beta, gamma, y más
Muestreo y Manejo de Muestras de Suelos: Curso de Diagnóstico de Suelos en el Campo
Algunas consideraciones para los Análisis de Suelos, Plantas y Aguas y (II) (Régulo León Arteta)
Los investigadores descubren que refrigerar o secar al aire las muestras de suelo para futuros estudios conserva importantes detalles microbianos
por Randall Brown, Universidad de Tennessee en Knoxville
El investigador postdoctoral Joe Edwards y la estudiante de posgrado Sarah Love, ambos en el Departamento de Ecología y Biología Evolutiva de la Universidad de Tennessee en Knoxville, han publicado hallazgos publicados esta primavera que pueden ahorrar a otros investigadores mucho tiempo y energía al almacenar muestras de suelo para un estudio posterior de su contenido microbiano.
El trabajo aparece en la revista Soil Biology and Biochemistry.
El método preferido para almacenar muestras de suelo para el estudio de microbios ha sido durante mucho tiempo congelarlas para mantener el ADN intacto para estudios que podrían necesitar extraer información años después. La desventaja es la necesidad de alimentar estos congeladores y mantener las instalaciones para albergarlos.
Edwards y Love examinaron una amplia gama de muestras de suelo. Su análisis indica que el suelo almacenado en condiciones refrigeradas o secadas al aire puede retener la información necesaria para comprender la composición y estructura de la comunidad microbiana durante muchos años.
«Queríamos demostrar que estos suelos secados al aire seguían siendo útiles para comprender las comunidades microbianas del suelo«, dijo Edwards. «Estamos utilizando microbios del suelo seco de una base de datos nacional archivada para observar los patrones espaciales a largo plazo en todo el continente en las comunidades de hongos y compararlos con los datos del censo forestal de todas esas mismas parcelas».
Esta base de datos de suelos almacena un historial de los cambios ecológicos en un área durante largos períodos de tiempo. Los investigadores quieren estudiar estos suelos con métodos relativamente nuevos para construir una línea de tiempo de los cambios ecológicos en los hongos a nivel microbiano.
«Esta tecnología de secuenciación microbiana solo ha existido durante los últimos 10 a 15 años más o menos«, dijo Edwards. «No tenemos trayectorias a muy largo plazo para estos microbiomas. Lo bueno de estos archivos es que se muestrearon más de una vez, por lo que tenemos múltiples remuestreos. Podemos ver cuánto cambia esa comunidad con el tiempo y obtener patrones históricos para ellos, que es algo que realmente nadie ha hecho todavía«.
Los resultados que encontraron Edwards y Love muestran que las muestras de suelo almacenadas en seco pueden ser extremadamente útiles para estudiar cómo cambian las propiedades del suelo y las comunidades fúngicas durante períodos más largos, potencialmente hasta décadas.
«Lo que decíamos en el documento tiene un poco de matices», dijo Edwards. «Logramos mantener la variación ambiental que se explicó en la comunidad microbiana. El método no es tan confiable si solo está tratando de rastrear taxones específicos de hongos a lo largo del tiempo. Pero para observar los patrones generales en la diversidad y la composición de la comunidad, es útil. Podemos tener una buena idea de la forma general de estas comunidades a medida que cambian en el espacio y el tiempo».
Conocer la confiabilidad de la información archivada disponible puede ayudar a los futuros investigadores a saber que sus muestras les brindarán los datos precisos que necesitan.
Edwards y Love aplicarán los hallazgos a la siguiente fase de su propia investigación de suelos: secuenciar miles de suelos secados al aire de todo el país. La información que encuentran puede ofrecer una nueva e importante comprensión de los patrones globales de cambio a largo plazo.
Más información: Joseph D. Edwards et al, Los métodos de almacenamiento del suelo a largo y corto plazo distintos de la congelación pueden ser útiles para el análisis de comunidades microbianas basadas en el ADN, Soil Biology and Biochemistry (2024). DOI: 10.1016/j.soilbio.2024.109329
Proporcionado por la Universidad de Tennessee en Knoxville
Trabajo Original
Los métodos de almacenamiento en el suelo a largo y corto plazo distintos de la congelación pueden ser útiles para el análisis de la comunidad microbiana basada en el ADN
por Randall Brown, Universidad de Tennessee en Knoxville
El investigador postdoctoral Joe Edwards y la estudiante de posgrado Sarah Love, ambos en el Departamento de Ecología y Biología Evolutiva de la Universidad de Tennessee en Knoxville, han publicado hallazgos publicados esta primavera que pueden ahorrar a otros investigadores mucho tiempo y energía al almacenar muestras de suelo para un estudio posterior de su contenido microbiano.
El trabajo aparece en la revista Soil Biology and Biochemistry.
El método preferido para almacenar muestras de suelo para el estudio de microbios ha sido durante mucho tiempo congelarlas para mantener el ADN intacto para estudios que podrían necesitar extraer información años después. La desventaja es la necesidad de alimentar estos congeladores y mantener las instalaciones para albergarlos.
Edwards y Love examinaron una amplia gama de muestras de suelo. Su análisis indica que el suelo almacenado en condiciones refrigeradas o secadas al aire puede retener la información necesaria para comprender la composición y estructura de la comunidad microbiana durante muchos años.
«Queríamos demostrar que estos suelos secados al aire seguían siendo útiles para comprender las comunidades microbianas del suelo«, dijo Edwards. «Estamos utilizando microbios del suelo seco de una base de datos nacional archivada para observar los patrones espaciales a largo plazo en todo el continente en las comunidades de hongos y compararlos con los datos del censo forestal de todas esas mismas parcelas».
Esta base de datos de suelos almacena un historial de los cambios ecológicos en un área durante largos períodos de tiempo. Los investigadores quieren estudiar estos suelos con métodos relativamente nuevos para construir una línea de tiempo de los cambios ecológicos en los hongos a nivel microbiano.
«Esta tecnología de secuenciación microbiana solo ha existido durante los últimos 10 a 15 años más o menos«, dijo Edwards. «No tenemos trayectorias a muy largo plazo para estos microbiomas. Lo bueno de estos archivos es que se muestrearon más de una vez, por lo que tenemos múltiples re-muestreos. Podemos ver cuánto cambia esa comunidad con el tiempo y obtener patrones históricos para ellos, que es algo que realmente nadie ha hecho todavía«.
Los resultados que encontraron Edwards y Love muestran que las muestras de suelo almacenadas en seco pueden ser extremadamente útiles para estudiar cómo cambian las propiedades del suelo y las comunidades fúngicas durante períodos más largos, potencialmente hasta décadas.
«Lo que decíamos en el documento debe matizarse», dijo Edwards. «Logramos mantener la variación ambiental que se explicó en la comunidad microbiana. El método no es tan confiable si solo está tratando de rastrear taxones específicos de hongos a lo largo del tiempo. Pero para observar los patrones generales en la diversidad y la composición de la comunidad, es útil. Podemos tener una buena idea de la forma general de estas comunidades a medida que cambian en el espacio y el tiempo».
Conocer la confiabilidad de la información archivada disponible puede ayudar a los futuros investigadores a saber que sus muestras les brindarán los datos precisos que necesitan.
Edwards y Love aplicarán los hallazgos a la siguiente fase de su propia investigación de suelos: secuenciar miles de suelos secados al aire de todo el país. La información que encuentran puede ofrecer una nueva e importante comprensión de los patrones globales de cambio a largo plazo.
Más información: Joseph D. Edwards et al, Los métodos de almacenamiento del suelo a largo y corto plazo distintos de la congelación pueden ser útiles para el análisis de comunidades microbianas basadas en el ADN, Soil Biology and Biochemistry (2024). DOI: 10.1016/j.soilbio.2024.109329
Proporcionado por la Universidad de Tennessee en Knoxville