Protistas del Suelo y Videojuegos

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Colaje: Fuente: Google Imágenes

 ¿Sabéis lo que es el Pac-Man?…. Y ¿Qué son los Protistas?. Según este estudio los segundos se comportan como los elementos de aquel primitivo videojuego.  Pululan por la matriz del suelo engullendo microbios y organismos más pequeños. Es decir los autores del estudio que os mostramos hoy constatan la manoseada frase darwiniana de que “el pez grande se come al chico?. Francamente no he leído frase más espuria desde hace mucho tiempo. Y así comenzaba la nota de prensa sobre la que versará este post, por lo que pasé a leer por encima el artículo original. Obviamente, ninguna mención al Pac-Man (la mente calenturioanta del púmillas). Veamos cómo funciona este entramado de “publicaciones salami”, haciendo uso de instrumental sofisticado, en este caso relacionado con la secuenciación genómica que, precisamente no aporta mucho a la taxonomía, en mi modesta opinión. Empero no saber de estas últimas ni del objeto de estudio no importa últimamente demasiado en esta lamentable Tecnociencia en la que se ha convertido la indagación investigadora. Pero reitero que leáis por favor en qué consisten esas denominadas publicaciones fragmentadas o Salami. Como investigador sé muy bien de que hablo y lamentablemente es una práctica bastante común. Ahora bien, darle al instrumental oneroso y sofisticado, para publicar varias artículos como este, uno para bacterias, otro para hongos y por ejemplo este: “La piel de la tierra es el hogar de protistas parecidos al Pac-Man”, si bien dicen poco más, se me antoja lamentable. Pero el problema no termina ahí. Entre los escasos comentarios que los autores vierten, se constatan muchas imprecisiones que convierten las conclusiones tanto en confusas como en confundentes. Pongamos algunos ejemplos.

Se dice, traducido al español castellano: “El mejor predictor de qué tipos de protistas existen en una muestra es la precipitación anual en el sitio. Esto puede parecer intuitivo porque los protistas dependen del agua para moverse”…. Y yo de mis pies para andar.  Tanto las bacterias como una inmensa cantidad de invertebrados del tipo de los tardígrados, nematodos, rotíferos, etc., son también taxones acuáticos. También dentro de los nematodos, por ejemplo, los rabditidos deambulan por la matriz del suelo ingiriendo microorganismos, si bien existen muchos más taxones, por supuesto. De hecho, se sabe mucho más de los protistas que lo que los autores desean que el lector considere. En consecuencia sobre la siguiente frase: “Como parte de un proyecto más grande para comprender todos los microbios en el suelo”, desde luego siguiendo esta línea de investigación, defiendo que ¡va a ser que no!, sino todo lo contrario, “vamos para atrás como los cangrejos”. Del mismo modo, discrepo abiertamente de este otra aseveración: “Identificar millones de protistas minúsculos en el suelo solía ser imposible, pero la tecnología desarrollada recientemente para clasificar protistas en función de su código genético permite caracterizarlos a gran escala.. De hecho la imposibilidad estribaba en que la taxonomía, desgraciadamente es otra disciplina actualmente considerada marginal, por lo que el número de expertos desciende en cada grupo taxonómico y especialmente, los que permanecen en activo, son tan escasos que pueden contarse con los dedos de una mano. Y que decir si algún insensato solicita financiación para obtener proyectos subvencionados de tal guisa. Ya podéis imaginaros, ni un centavo, salvo contadas excepciones. Empero estas técnicas de secuenciación masiva s.l., así como la obsesiva creencia que con instrumental sofisticado se soluciona todo, darán a muchos lectores la sensación del poderío tecnológico, de grandes logros y otras sandeces. Sin embargo, nadie puede enumerar rigurosamente cuantas especies biológicas en sentido estricto existen. Una cuestión es la variedad genética que se encuentra en el suelo de un taxa y otra bien distinta su número de especies.  El problema suele complicarse dada la falta de genomas de referencia del material genético (y su variabilidad inter e intra-específica) de tantos grupos taxonómicos casi todos los cuales engloban cientos o miles de especies conocidas. Y podría seguir y seguir……

Lo más pernicioso de este tipo de estudios estriba en que dan la impresión de que se progresa mucho mediante la tecnología, cuando en realidad no pasa de ser como “matar malamente moscas a cañonazos”. Primero el aprendizaje del conocimiento previamente adquirido, seguidamente la reflexión de cómo puede mejorarse  mediante las nuevas tecnologías. Empero da la impresión de que los autores se han saltado el primer e imprescindible requisito “conocimiento”. Dicen también haber muestreado 46 muestras de suelos de seis continentes. ¡Impresiona! ¿Verdad?. Empero tan hecho significa no más de ocho muestras por continentes, mientras la cantidad de hábitats y suelos, en cada uno de ellos es superlativamente mayor.  Como corolario cabe dudar de la densidad del muestreo y de su representatividad. Otra frasecita que me hace temblar “la acidez del suelo, en lugar de la precipitación, es lo que generalmente predice qué bacterias y hongos hay en el suelo”. Eso ya lo sabíamos desde hace decenios y algunos de los autores del presente estudio se aferraban a sus chupetes. En donde la acidez del suelo es mayor la razón hongos/bacterias tiende a crecer ¿vale?. También existen muchos Protistas que soportan el déficit hídrico y, con las más variadas estrategias, por lo que no van haciendo ñam-ñam a su alrededor. Me temo que o estos investigadores saben muy poco de biología del suelo, o intentan aparentarlo a toda costa.

En fin prefiero parar aquí, y ellos que sigan con sus intrascendentes de “publicaciones salami” en la línea de laTecnociencia. ¿Qué Dios nos pille confesados”. Quizás sus aserciones a nivel geográfico tengan algun valor, pero solo si son corroboradas desde distintas perpectivas. ¡así solo no!

 Juen José Ibáñez

Continua……

Protistas

 En biología, Reino Protista, también denominado Protoctista, es el que contiene a todos aquellos organismos eucariontes que no pueden clasificarse dentro de alguno de los otros tres reinos eucariotas: Fungi (hongos), Animalia (animales) o Plantae (plantas).567 Es un grupo parafilético (un grupo que no contiene a todos los descendientes de su antepasado común), en el que hay representantes tanto unicelulares como pluricelulares, autótrofos como heterótrofos, fagótrofos como osmótrofos; incluye grupos monofiléticos como los ciliados, junto a formas estrechamente relacionadas con alguno de los otros reinos eucarióticos, aunque hay una tendencia a incluir a éstos dentro de esos reinos. Se los designa con nombres que han perdido valor sistemático en biología, pero cuyo uso sería imposible desterrar, como «algas», «protozoos» o «mohos mucosos».

The skin of the earth is home to pac-man-like protists
by Staff Writers; Panama City, Panama (SPX) Jan 27, 2020

Pac-Man, the open-mouthed face of the most successful arcade game ever, is much more well-known than any of the one-celled organisms called protists, at least among people over 30. But the first study to characterize protists in soils from around the world – co-authored by Smithsonian scientists – found that the most common groups of soil protists behave exactly like Pac-Man: moving through the soil matrix, gobbling up bacteria. Their results are published in Science Advances.

“As part of a bigger project to understand all of the microbes in soil we are characterizing bacteria and fungi, but also a lesser-known, but equally important group called protists,” said Angela Oliverio, former STRI intern and lead author on the paper with professor Noah Fierer and post-doctoral fellow Manuel Delgado-Baquerizo at the University of Colorado, Boulder; staff scientist Ben Turner at the Smithsonian Tropical Researh Institute in Panama; researcher Stefan Geisen at the Netherlands Institute of Ecology and professor Fernando Maestre at the Universidad Rey Juan Carlos and the Universidad de Alicante, Spain.

La piel de la tierra es el hogar de protistas parecidos al pac-man

por escritores del personal; Ciudad de Panamá, Panamá (SPX) 27 de enero de 2020

Ciudad de Panamá, Panamá (SPX) 27 de enero de 2020 – Pac-Man, la cara abierta del juego arcade más exitoso de la historia, es mucho más conocido que cualquiera de los organismos unicelulares llamados protistas, al menos entre las personas más de 30. Pero el primer estudio que caracterizó a los protistas en suelos de todo el mundo, en coautoría de científicos del Smithsonian, descubrió que los grupos más comunes de protistas del suelo se comportan exactamente como Pac-Man: moverse a través de … más

Incluso pequeñas muestras de suelo contienen grandes cantidades de microorganismos. Las muestras de suelo de diferentes capas de suelo esperan ser analizadas en el laboratorio del científico del personal Ben Turner en el Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales en Panamá.

Pac-Man, la cara abierta del juego arcade más exitoso de la historia, es mucho más conocido que cualquiera de los organismos unicelulares llamados protistas, al menos entre las personas mayores de 30 años. Pero el primer estudio para caracterizar a los protistas en el suelo de todo el mundo, en coautoría de científicos del Smithsonian, descubrieron que los grupos más comunes de protistas del suelo se comportan exactamente como Pac-Man: se mueven a través de la matriz del suelo y engullen bacterias. Sus resultados se publican en Science Advances.

Como parte de un proyecto más grande para comprender todos los microbios en el suelo, estamos caracterizando bacterias y hongos, pero también un grupo menos conocido pero igualmente importante llamado protistas“, dijo Angela Oliverio, ex pasante de STRI y autora principal del artículo. con el profesor Noah Fierer y el becario postdoctoral Manuel Delgado-Baquerizo de la Universidad de Colorado, Boulder; el científico del equipo Ben Turner del Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales en Panamá; investigador Stefan Geisen en el Instituto de Ecología de los Países Bajos y profesor Fernando Maestre en la Universidad Rey Juan Carlos y la Universidad de Alicante, España.

Protists reproduce quickly and are probably much more responsive to climate change than larger forms of life. Like the cartoon character Sheldon Plankton in Spongebob Squarepants, protists are not plants, animals or fungi.

They are single-celled organisms but, unlike bacteria, they have a nucleus. They move through water using whip-like flagellae and tiny hairs called cilia. Some of the nastier protists cause sleeping sickness, malaria and red tide, but nearly all play important, if mysterious, roles in the energy- and nutrient-trading relationships that connect ecosystems.

Identifying millions of miniscule protists in soil used to be impossible, but recently-developed technology to classify protists based on their genetic code makes it possible to characterize them on a large scale. The team sequenced the 18S ribosomal RNA studied from soil samples from across six continents to better understand the ecological roles of the protists in the below-ground ecosystem.

They discovered that most of the protists are the Pac-Man type that consume other, smaller organisms. But in tropical soils, a larger number of protists were parasites, living inside other organisms.

In desert soils, there were more protists capable of photosynthesizing and using sunlight directly as an energy source. The best predictor of what types of protists exist in a sample is the annual precipitation at the site. This may seem intuitive because protists depend on water to move, but it was a surprise, since soil acidity, rather than precipitation, is what usually predicts which bacteria and fungi are in soil.

“Soils are home to an astonishing diversity of organisms, the lives of which we are only beginning to understand,” said Ben Turner, STRI staff scientist and co-author of the study. “Soil protists are an understudied group, so this work provides a foundation for future research on their ecology in ecosystems worldwide.”

Research paper

Los protistas se reproducen rápidamente y probablemente responden mucho mejor al cambio climático que las formas de vida de mayor tamaño o biomasa. Al igual que el personaje de dibujos animados Sheldon Plankton en Bob Esponja, los protistas no son plantas, animales u hongos.

Son organismos unicelulares pero, a diferencia de las bacterias, tienen un núcleo. Se mueven a través del agua usando flagelos en forma de látigo y pequeños pelos llamados cilios. Algunos de los protistas más desagradables causan la enfermedad del sueño, la malaria y la marea roja, pero casi todos juegan un papel importante, aunque bastante desconocido, en el flujo de  energía y nutrientes que conectan los ecosistemas.

Identificar millones de protistas minúsculos en el suelo solía ser imposible, pero la tecnología desarrollada recientemente para clasificar protistas en función de su código genético permite caracterizarlos a gran escala. El equipo secuencia el ARN ribosómico 18S estudiado a partir de muestras de suelo de seis continentes para comprender mejor el papel ecológico de los protistas en el ecosistema suelo.

Descubrieron que la mayoría de los protistas son del tipo Pac-Man que consumen otros organismos más pequeños. Pero en los suelos tropicales, un mayor número de protistas eran parásitos, que vivían dentro de otros organismos.
En los suelos del desierto, había más protistas capaces de fotosintetizar y usar la luz solar directamente como fuente de energía. El mejor predictor de qué tipos de protistas existen en una muestra es la precipitación anual en el sitio. Esto puede parecer intuitivo porque los protistas dependen del agua para moverse, aunque fue una sorpresa, ya que la acidez del suelo, en lugar de la precipitación, es lo que generalmente predice qué bacterias y hongos hay en el suelo.

“Los suelos albergan una asombrosa diversidad de organismos, cuyas vidas apenas comenzamos a comprender”, dijo Ben Turner, científico del personal de STRI y coautor del estudio. “Los protistas del suelo son un grupo poco estudiado, por lo que este trabajo proporciona una base para futuras investigaciones sobre su ecología en los ecosistemas de todo el mundo”.

Resumen del Trabajo Original

The global-scale distributions of soil protists and their contributions to belowground systems

Science Advances  24 Jan 2020:Vol. 6, no. 4, eaax8787; DOI: 10.1126/sciadv.aax8787

Abstract

Protists are ubiquitous in soil, where they are key contributors to nutrient cycling and energy transfer. However, protists have received far less attention than other components of the soil microbiome. We used amplicon sequencing of soils from 180 locations across six continents to investigate the ecological preferences of protists and their functional contributions to belowground systems. We complemented these analyses with shotgun metagenomic sequencing of 46 soils to validate the identities of the more abundant protist lineages. We found that most soils are dominated by consumers, although parasites and phototrophs are particularly abundant in tropical and arid ecosystems, respectively. The best predictors of protist composition (primarily annual precipitation) are fundamentally distinct from those shaping bacterial and archaeal communities (namely, soil pH). Some protists and bacteria co-occur globally, highlighting the potential importance of these largely undescribed belowground interactions. Together, this study allowed us to identify the most abundant and ubiquitous protists living in soil, with our work providing a cross-ecosystem perspective on the factors structuring soil protist communities and their likely contributions to soil functioning.

Los protistas son ubicuos en el suelo, donde son contribuyentes clave para el ciclo de nutrientes y la transferencia de energía. Sin embargo, los protistas han recibido mucha menos atención que otros componentes del microbioma del suelo. Utilizamos la secuenciación de amplicones de suelos en 180 ubicaciones de seis continentes para investigar las preferencias ecológicas de los protistas y sus contribuciones funcionales a los sistemas subterráneos. Complementamos estos análisis con una secuencia metagenómica de escopeta de 46 suelos con vistas a validar las identidades de los linajes protistas más abundantes. Descubrimos que la mayoría de los suelos están dominados por los consumidores, aunque los parásitos y los fotótrofos son particularmente abundantes en los ecosistemas tropicales y áridos, respectivamente. Los mejores predictores de la composición protista (principalmente precipitación anual) son fundamentalmente distintos de los que dan forma a las comunidades bacterianas y arqueológicas (a saber, el pH del suelo). Algunos protistas y bacterias coexisten globalmente, destacando la importancia potencial de estas interacciones subterráneas en gran parte no descritas. Juntos, este estudio nos permitió identificar a los protistas más abundantes y ubicuos que viven en el suelo, y nuestro trabajo proporcionó una perspectiva transversal del ecosistema sobre los factores que estructuran las comunidades protistas del suelo y sus posibles contribuciones al funcionamiento del suelo.

Traducción del inglés-Pac-Man es una franquicia de videojuegos desarrollada y publicada por Bandai Namco Entertainment, anteriormente Namco. La primera entrada homónima se lanzó para salas de juego en julio de 1980 en Japón y octubre de 1980 en América del Norte, y se lanzaron regularmente en los años siguientes. Wikipedia (Inglés)

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