Posts etiquetados con ‘Taxonomía’

Protistas del Suelo y Videojuegos

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Colaje: Fuente: Google Imágenes

 ¿Sabéis lo que es el Pac-Man?…. Y ¿Qué son los Protistas?. Según este estudio los segundos se comportan como los elementos de aquel primitivo videojuego.  Pululan por la matriz del suelo engullendo microbios y organismos más pequeños. Es decir los autores del estudio que os mostramos hoy constatan la manoseada frase darwiniana de que “el pez grande se come al chico?. Francamente no he leído frase más espuria desde hace mucho tiempo. Y así comenzaba la nota de prensa sobre la que versará este post, por lo que pasé a leer por encima el artículo original. Obviamente, ninguna mención al Pac-Man (la mente calenturioanta del púmillas). Veamos cómo funciona este entramado de “publicaciones salami”, haciendo uso de instrumental sofisticado, en este caso relacionado con la secuenciación genómica que, precisamente no aporta mucho a la taxonomía, en mi modesta opinión. Empero no saber de estas últimas ni del objeto de estudio no importa últimamente demasiado en esta lamentable Tecnociencia en la que se ha convertido la indagación investigadora. Pero reitero que leáis por favor en qué consisten esas denominadas publicaciones fragmentadas o Salami. Como investigador sé muy bien de que hablo y lamentablemente es una práctica bastante común. Ahora bien, darle al instrumental oneroso y sofisticado, para publicar varias artículos como este, uno para bacterias, otro para hongos y por ejemplo este: “La piel de la tierra es el hogar de protistas parecidos al Pac-Man”, si bien dicen poco más, se me antoja lamentable. Pero el problema no termina ahí. Entre los escasos comentarios que los autores vierten, se constatan muchas imprecisiones que convierten las conclusiones tanto en confusas como en confundentes. Pongamos algunos ejemplos.

Se dice, traducido al español castellano: “El mejor predictor de qué tipos de protistas existen en una muestra es la precipitación anual en el sitio. Esto puede parecer intuitivo porque los protistas dependen del agua para moverse”…. Y yo de mis pies para andar.  Tanto las bacterias como una inmensa cantidad de invertebrados del tipo de los tardígrados, nematodos, rotíferos, etc., son también taxones acuáticos. También dentro de los nematodos, por ejemplo, los rabditidos deambulan por la matriz del suelo ingiriendo microorganismos, si bien existen muchos más taxones, por supuesto. De hecho, se sabe mucho más de los protistas que lo que los autores desean que el lector considere. En consecuencia sobre la siguiente frase: “Como parte de un proyecto más grande para comprender todos los microbios en el suelo”, desde luego siguiendo esta línea de investigación, defiendo que ¡va a ser que no!, sino todo lo contrario, “vamos para atrás como los cangrejos”. Del mismo modo, discrepo abiertamente de este otra aseveración: “Identificar millones de protistas minúsculos en el suelo solía ser imposible, pero la tecnología desarrollada recientemente para clasificar protistas en función de su código genético permite caracterizarlos a gran escala.. De hecho la imposibilidad estribaba en que la taxonomía, desgraciadamente es otra disciplina actualmente considerada marginal, por lo que el número de expertos desciende en cada grupo taxonómico y especialmente, los que permanecen en activo, son tan escasos que pueden contarse con los dedos de una mano. Y que decir si algún insensato solicita financiación para obtener proyectos subvencionados de tal guisa. Ya podéis imaginaros, ni un centavo, salvo contadas excepciones. Empero estas técnicas de secuenciación masiva s.l., así como la obsesiva creencia que con instrumental sofisticado se soluciona todo, darán a muchos lectores la sensación del poderío tecnológico, de grandes logros y otras sandeces. Sin embargo, nadie puede enumerar rigurosamente cuantas especies biológicas en sentido estricto existen. Una cuestión es la variedad genética que se encuentra en el suelo de un taxa y otra bien distinta su número de especies.  El problema suele complicarse dada la falta de genomas de referencia del material genético (y su variabilidad inter e intra-específica) de tantos grupos taxonómicos casi todos los cuales engloban cientos o miles de especies conocidas. Y podría seguir y seguir……

Lo más pernicioso de este tipo de estudios estriba en que dan la impresión de que se progresa mucho mediante la tecnología, cuando en realidad no pasa de ser como “matar malamente moscas a cañonazos”. Primero el aprendizaje del conocimiento previamente adquirido, seguidamente la reflexión de cómo puede mejorarse  mediante las nuevas tecnologías. Empero da la impresión de que los autores se han saltado el primer e imprescindible requisito “conocimiento”. Dicen también haber muestreado 46 muestras de suelos de seis continentes. ¡Impresiona! ¿Verdad?. Empero tan hecho significa no más de ocho muestras por continentes, mientras la cantidad de hábitats y suelos, en cada uno de ellos es superlativamente mayor.  Como corolario cabe dudar de la densidad del muestreo y de su representatividad. Otra frasecita que me hace temblar “la acidez del suelo, en lugar de la precipitación, es lo que generalmente predice qué bacterias y hongos hay en el suelo”. Eso ya lo sabíamos desde hace decenios y algunos de los autores del presente estudio se aferraban a sus chupetes. En donde la acidez del suelo es mayor la razón hongos/bacterias tiende a crecer ¿vale?. También existen muchos Protistas que soportan el déficit hídrico y, con las más variadas estrategias, por lo que no van haciendo ñam-ñam a su alrededor. Me temo que o estos investigadores saben muy poco de biología del suelo, o intentan aparentarlo a toda costa.

En fin prefiero parar aquí, y ellos que sigan con sus intrascendentes de “publicaciones salami” en la línea de laTecnociencia. ¿Qué Dios nos pille confesados”. Quizás sus aserciones a nivel geográfico tengan algun valor, pero solo si son corroboradas desde distintas perpectivas. ¡así solo no!

 Juen José Ibáñez

Continua……

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Biodiversidad de Especies del Suelo y Genómica (Tipos de Taxónomos: Lumpers and Splitters)

Ya os he comentado en diversos post precedentes, como la biodiversidad que albergan los suelos aún es muy poco conocida. Generalmente, en los hábitats mejor y más intensamente muestreados se detectan más especies que en los que no lo han sido. Del mismo modo, existen dos tipos de taxónomos: (i) los que  escarban y abundan en las singularidades con vistas a proponer nuevas especies y (ii) aquellos que intentan reagrupar las primeras en menos taxa, por cuanto consideran que tales diferencias no son lo suficientemente conspiras como para dividirlas en taxones distintos. A los primeros se les denominan  splitters y a los segundos lumpers (ver nuestro post: El dilemma Naturalia/artificialia and the splitters and lumpers). Abajo os dejo un enlace para que abundéis en Wikipedia sobre este tema. Ciertamente cabe la posibilidad de que en el medio edáfico, como en otros muchos, organismos dispares sean agrupados como una especie cuando en realidad no lo sabemos. Ya hemos hablado de mi primer mentor en materia de investigación, es decir del fitopatólogo y taxónomo del suelo Antonio Bello Pérez. Su actitud era la de un Lumper.

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Reproducción de los colémbolos. Fuente: Frans Janssens, Department of Biology, University of Antwerp, Antwerp, B-2020, Belgium

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Arqueorizomicetos: Una Nueva Clase de Hongos del Suelo (pero muy común) Identificada y Clasificada por Primera Vez

El título de la noticia parece contradictorio, pero no lo es. Descubrir una nueva “clase” que no especies, géneros, familias,  se considera un gran  hallazgo taxonómico. ¿Y como se sabía que su presencia era tan frecuente?. ¡Sencillo!. Las muestras de DNA de muchas muestras de suelo analizadas previamente contenían secuencias de sus nucleótidos que han logrado asociarse a este hongo que solo esporula (desprende las esporas) en el interior del suelo. Como su denominación indica, debe tratarse de una clase que muestra caracteres muy antiguos (“arqueo”). Su detección se realizó cuando se analizaban las micorrizas de ciertas coníferas, lo cual no significa que hasta la fecha se tenga constancia de sus hábitos alimentarios y ecológicos. Los autores detectaron mediante microscopía que era una forma extraña, filamentosa, no conocida por la ciencia y luego (…) Su aislamiento, permitió cultivarlo in vitro, constatándose que se se trataba de un organismo de crecimiento lento que puede “criarse” en medios de cultivo a base glucosa y celulosa. Todo apunta a que estamos ante un hongo común, asociado a la descomposición de los restos vegetales. Tal descubrimiento ha sido publicado en la revista Science. Ahora deberá analizarse su papel en el medio edáfico, así como investigar si se trata de una clase monoespecífica, o atesora varias especies, géneros, familias, órdenes, etc.  Ya os hemos comentado que, conforme avance la bioprospección del suelo, con toda seguridad, la ciencia se llevaré enormes sorpresas. El problema estriba tanto en la incomprensible falta de interés por estudiar la biología del suelo, como por su dificultad, ya que es un medio poroso y heterogéneo, pero también opaco. Entiendo que a los científicos que han llevado a cabo el estudio les ha sonreído la diosa fortuna, por cuanto los expertos reconocen que el problema para detectar muchas formas de vida edáfica estriba en que no crecen en los medios de cultivo convencionales, por lo que resulta muy difícil detectar y catalogar la biodiversidad del suelo. Pura serendipia (analizaban micorrizas), pero así se encuentran muchas nuevas formas de vida. Abajo os incluyo la nota de prensa de Sciencedaily.   Posiblemente lo hemos pisado en numerosas ocasiones, adhiriéndose a los zapatos de numerosísimos ciudadanos que paseaban, o trabajaban en el campo.

Juan José Ibáñez

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Archaeorhizomycetes. Fuente: expertsvar

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