Archivo de junio, 2011

Del genoma de la leucemia hasta Henry James: Dificultades con el genitivo sajón


Con el título “La leucemia no tiene genoma” publicaba ayer una entrada intentando poner de manifiesto la confusión reinante en la divulgación científica.  No trataba de hacer un análisis detallado y profundo de artículo científico alguno, sino simplemente destacar un nuevo error frecuente y preocupante en las noticias de periodismo científico.  Ni más ni menos que otra muestra de lo que viene siendo la norma habitual en el periodismo tal y como era denunciada por Rosa María Calaf en una conferencia pronunciada anteayer en la Universidad Miguel de Cervantes en Valladolid:

«el rigor periodístico se sacrifica en pro de las audiencias, la noticia se convierte en mercancía».

 

Exacto, señora Calaf. Adiós al rigor,  bienvenida la mercancía, pero…….en el caso concreto que nos ocupaba ayer, es decir, ese recién creado a bombo y platillo por las agencias de prensa, mito del genoma de la leucemia….¿De dónde procedería? …… Para mi tengo que,  como en otras ocasiones,  el foco de dispersión de esta confusa y peligrosa  idea se encuentra en el idioma inglés. Posiblemente en un artículo publicado en 2008 en Nature,  y titulado:

DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukaemia genome

Ocurre que el genitivo sajón utilizado en este titulo induce a error. Por ejemplo, traducido al español sería:

Secuencia de DNA de un genoma  de leucemia mieloide aguda citogenéticamente normal.

Con lo cual al preguntarnos de dónde procede el genoma, la respuesta podría ser que de una leucemia y así se estaría dando indirectamente a entender que existe el genoma de una leucemia, lo cual es incorrecto, como se comprueba al leer el artículo original. La secuencia de DNA no puede en ningún caso referirse a una leucemia, sino que ha de referirse a un tumor. En este caso se nos indica claramente de dónde:

“The tumour sample from patient 933124 contained no somatic copy number changes at a resolution of ~5 kb”

Es decir, el DNA secuenciado procedía de la muestra de un tumor del paciente 933124 y donde se decía arriba:

Secuencia de DNA de un genoma  de leucemia mieloide aguda citogenéticamente normal.

Se debería haber dicho:

Secuencia de DNA de un genoma  procedente de un tumor de leucemia mieloide aguda citogenéticamente normal.

Aunque en este caso y ya en su idioma original, la frase puede inducir a confusión, en general al traducir una frase que contiene el  genitivo sajón al español es relativamente fácil perder la pista de esos datos tan importantes cómo qué es el sujeto o a quién pertenece el predicado, y es que, la claridad, esa virtud tan importante para la ciencia, podría no ser algo del todo compatible con el idioma inglés. Ya lo decía Henry James:

 

Lo único que el Príncipe sabía con certeza acerca de los ingleses era que “les situations nettes” no les gustaban. Por nada del mundo estaban dispuestos a aceptarlas. El genio nacional inglés, el éxito nacional inglés, siempre habían consistido en evitar dichas situaciones en todo momento. Con complacencia, los ingleses estimaban que este peculiar talento era lo que ellos denominaban su maravillosa capacidad de transigir, cuya influencia impregnaba de tal manera el lugar en que ahora se encontraba nuestro héroe que parecía, de una manera más clara, que la tierra y el aire, la luz y el color, los campos, las colinas y el cielo, los pueblos de los condados azul verdoso y las frías catedrales, debieran el especial matiz de su tono a dicha capacidad.

 

Pero si la claridad, esa cualidad tan importante para la ciencia no se les da bien a los ingleses, entonces, ….¿será cierto lo que decía Orwell, de que los ingleses no son muy propensos para la filosofía?  Eso pronto lo discutiremos, mañana o pasado a lo más tardar…..

 

Referencia

Henry James. La Copa dorada. Alba Editorial SL. Barcelona. 1998. Trad.: Andrés Bosch Villalta. El fragmento se encuentra en la p 332.

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La leucemia no tiene genoma

 

 

Una búsqueda en Google con la expresión  “Genoma de la Leucemia“  nos da hoy  muchos miles de páginas conteniendo noticias de prensa que en sus títulos  contienen las frases:  Secuenciado el Genoma de la Leucemia, Descifrado el Genoma de la Leucemia y otras similares,  pero………. todo esto debe proceder de un lamentable error todavía por corregir,  porque resulta que no existe nada que pueda denominarse Genoma de la Leucemia. Lo que existen son genes cuyas mutaciones son frecuentes en los casos de leucemia.

 

El ICGC es un consorcio internacional dedicado al estudio del cáncer en el que participan grupos de investigación de diversos paises. Según explica en su web,  y en un detallado artículo en la revista Nature, su objetivo es lanzar y coordinar un gran número de proyectos de investigación para esclarecer los cambios  presentes en los genomas de pacientes que presentan diversas formas de cáncer.  (Tales cambios en los genomas pueden ser, como en el artículo indicado más abajo,  lo  que siempre se llamó mutaciones, y afectan a determinados genes o secuencias particulares del genoma; ni una mutación, ni un cambio constituye un genoma nuevo).

Algunos grupos españoles participan en particular en el análisis de la Leucemia linfocítica crónica (CLL) y su objetivo explicado en la web es  obtener un catálogo completo de las alteraciones genéticas en 500 tumores independientes. A tal fin se ha publicado recientemente en Nature el artículo titulado Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia.

Es un disparate indicar como la mayoría de las noticias vienen haciendo que se haya secuenciado el genoma de la Leucemia. La leucemia es una enfermedad y como tal carece de genoma.

Lo que se ha hecho es secuenciar el genoma de pacientes con leucemia identificándose ciertas mutaciones. Algunas de ellas se asocian con determinados genes:

Here we performed whole-genome sequencing of four cases of CLL and identified 46 somatic mutations that potentially affect gene function……

 

To our knowledge, this is the first comprehensive analysis of CLL combining whole-genome sequencing with clinical characteristics and clinical outcomes. It highlights the usefulness of this approach for the identification of clinically relevant mutations in cancer.

 

Pero convendría también recordar que ningún genoma ni humano, ni de metazoos ha sido secuenciado en su totalidad.  En todos los proyectos de secuenciación de genomas existen huecos correspondientes a los centrómeros,  heterocromatina y otras regiones ricas en secuencias repetidas.

El trabajo publicado y al que hacen referencia las noticias consiste en el primer análisis exhaustivo de la CLL, combinando la secuenciación del genoma con características y resultados clínicos. Se destaca la utilidad de este enfoque para la identificación de mutaciones clínicamente relevantes en el cáncer.

No se secuencia el genoma de la leucemia. La leucemia no tiene genoma.

 

Imagen del huevo tomada del Diccionario de Neolengua

 

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Evolución: Los cotiledones

 

11. Estos primeros órganos se conocen con el nombre de cotiledones. Se les ha llamado también cáscaras o folículos de semilla y hojas seminales, para denominar las diversas formas en que los percibimos.

12. A menudo aparecen amorfos, de cierto modo embutidos en una materia cruda que se extiende por igual a lo largo como a lo ancho; no se distinguen sus vasos, apenas se diferencian de la masa total; no tienen casi nada de parecido con una hoja, y pudiéramos estar tentados de tomarlos por órganos particulares

 

Fragmento de La Metamorfosis de las Plantas de Johann Wolfgang von Goethe.

Tomado de la edición: La Metamorfosis de las Plantas. Afinidades. Asociación Valle Inclán Elkartea. Universidad del Pais Vasco.

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11. Es sind diese ersten Organe unter dem Namen Kotyledonen bekannt; man hat sie auch Samenklappen, Kern stocke, Samenlappen, Samenblätter genannt, und so die verschiedenen Gestalten, in denen wir sie gewahr werden zu bezeichnen gesucht.

12. Sie erscheinen oft unförmlich, mit einer rohen Materie gleichsam ausgestopft, und ebenso sehr in die Dicke als in die Breite ausgedehnt; ihre Gefäße sind unkenntlich und von der Masse des Ganzen kaum zu unterscheiden; haben fast nichts Ähnliches von einem Blatte, und wir können verleitet werden, sie für besondere Organe anzusehen.

Johann Wolfgang von Goethe. Die Metamorphose der Pflanzen (1790). Versión en alemán de Zeno.org

 

Imágenes: Semilla de guisante mostrando los cotiledones de The seed biology place

Cortes de cotiledones de garbanzo: Arriba, tinción con FASGA. Abajo, marcado con anticuerpos anti-proteasas. Imágenes obtenidas con la ayuda de Óscar Hita Urdain.

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Combate de reinas

El 18 de septiembre, pusimos una reina muy fructífera en una colmena de cristal, que ya contenía una reina virgen, poniéndola en el lado opuesto, para tener tiempo de ver cómo la reciben las obreras. La rodearon inmediatamente, pero sólo por un momento. Al verse oprimida por la necesidad de poner huevos dejó caer algunos, sin embargo, no hemos podido descubrir qué fue de ellos, sin duda las abejas no los transmitieron a las celdas, ya que, al inspeccionar, no se encontró ninguno. Habiéndose dispersado un poco más el grupo que rodeaba a esta reina,  ella avanzó hacia el borde de la colmena, y pronto se situó muy cerca de la reina virgen. Cuando estaban a la vista, se precipitaron una sobre la otra, la reina virgen saltó a la parte posterior de la otra, dándole varias picaduras en el vientre, pero, habiendo dado en la parte escamosa, no le hirió, y las combatientes se separaron. En unos minutos, volvieron a la carga, pero esta vez la reina preñada montó sobre su rival, intentando en vano atacarla, porque la picadura no acertó;  la reina virgen, a continuación, se desprendió y huyó; también logró escapar de otro ataque, donde su adversario tenía la ventaja de su posición. Estos rivales eran aproximadamente de la misma fuerza, y era difícil prever de qué lado se inclinaría la victoria, hasta que por fin, por un esfuerzo con éxito, la reina virgen, hirió de muerte al extranjero, que expiró en un momento. El aguijón había penetrado en tal medida en que la reina victoriosa fue incapaz de extraerlo, siendo volcada por la caída de su enemigo. Hizo grandes esfuerzos para soltar el aguijón: pero no podría tener éxito por ningún otro medio que no fuese flexionando la extremidad del abdomen, como sobre un pivote. Probablemente, las púas de la picadura se redujeron en este movimiento, y, cerrando como una espiral alrededor del tallo, salieron con más facilidad de la herida.

 

On the 18. of September, we introduced a very fruitful queen into a glass hive, already containing a virgin queen, and put her on the opposite side of the comb, that we might have time to see how the workers would receive her. She was immediately surrounded, but they confined her only a moment. Being oppressed with the necessity of laying, she dropped some eggs; however, we could not discover what became of them; certainly the bees did not convey them to the cells, for, on inspection, we found none there. The group surrounding this queen having dispersed a little, she advanced towards the edge of the comb, and soon approached very near the virgin queen. When in sight, they rushed together; the virgin queen got on the back of the other, and gave her several stings in the belly, but, having aimed at the scaly part, they did not injure her, and the combatants separated. In a few minutes, they   returned to the charge; but this time the impregnated queen mounted on her rival; however, she sought in vain to pierce her, for the sting did not enter; the virgin queen then disengaged herself and fled; she also succeeded in escaping another attack, where her adversary had the advantage of position. These rivals appeared nearly of equal strength; and it was difficult to foresee to which side victory would incline, until at last, by a successful exertion, the virgin queen mortally wounded the stranger, and she expired in a moment. The sting had penetrated so far that the victorious queen was unable to extract it, and she was overthrown by the fall of her enemy. She made great exertions to disengage the sting: but could succeed by no other means than turning on the extremity of the belly, as on a pivot. Probably the barbs of the sting fell by this motion, and, closing like a spiral around the stem, came more easily from the wound.

 

P 121 LETTER VI. ON THE COMBATS OF QUEENS: THE MASSACRE OF THE MALES: AND WHAT SUCCEEDS IN A HIVE WHERE A STRANGER QUEEN IS SUBSTITUTED FOR THE NATURAL ONE.

ON THE NATURAL HISTORY OF BEES, BY FRANCIS HUBER.

 

EDINBURGH:
PRINTED FOR JOHN ANDERSON,
AND SOLD BY
LONGMAN, HURST, REES, AND ORME,
LONDON.
ALEX SMELLIE, Printer.
1806.

El escudo es el de la ciudad de Wespen en Alemania

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Claro como el agua: El Homo antecessor en el diccionario de Neolengua

Me llevo un susto de muerte  al ver en una etiqueta de agua la imagen de arriba, más no preocuparse porque el diccionario de la Neolengua, que todo lo explica, pronto me va a explicar qué es el Homo antecessor. Veamos:

 

Catalá: L’Homo antecessor, o home d’Atapuerca, és un homínid fòssil  (1; homínido fósil)

English: Homo antecessor is an extinct human species (2: Especie humana extinguida)

Deutsch: Als Homo antecessor werden Fossilien der Gattung Homo (3: Fosil del Género Homo)

Español: Homo antecessor es una especie extinta perteneciente al género Homo (4: Especie extingida del género Homo)

Francés: Homo antecessor est le nom donné à des restes humains découverts à Atapuerca (5: Nombre dado a unos restos humanos)

Italiano: L’ Homo antecessor è una specie estinta di ominide (6: Especie extinguida de homínido)

Portugués: Homo antecessor é um hominídeo extinto (7: Homínido extinguido)

 

Ustedes dirán. Por mi parte y sin que sirva de precedente, por hoy (1 de junio de 2011) me quedo con el francés. No obstante,  habrá que ir viendo cómo cambia todo esto, seguramente a mayor claridad.

Algunas cuestiones sin importancia:

1. ¿Es lo mismo fósil que restos?

2. ¿Es lo mismo homínido, especie humana y especie del género Homo?

3. ¿Cuántas especies humanas se conocen?

4. ¿Qué respuestas ofrece la Máquina incapaz de distinguir a todas estas cuestiones? Seguro que Su Majestad la Selección Natural tiene poder para poner las cosas en claro también en estas menudencias.

 

Entretanto, afortunados que compren botellas de agua en la zona de Burgos, tengan cuidado de no atragantarse.

 

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